La Jefatura es la representación superior jerárquica de la OAICE. Es la persona representante de la Universidad ante las instituciones de educación superior extranjeras, organizaciones y organismos internacionales públicos o privados, en asuntos propios de la Oficina. La Subjefatura es la jerarquía inmediata a la Jefatura.

La Asesoría Legal se encarga de recomendar, orientar y brindar servicios en esta materia a la Jefatura, Subjefatura y a las diferentes secciones que conforman la OAICE.

La Sección de Cooperación Internacional se encarga de coordinar y fortalecer la cooperación internacional tanto bilateral como multilateral, mediante la gestión de convenios de cooperación académica con distintas instituciones de educación superior extranjeras. Asimismo, fomenta la participación institucional en los diferentes programas de cooperación auspiciados por las entidades nacionales o extranjeras involucradas en el proceso de internacionalización.

La Sección de Movilidad Estudiantil se encarga de facilitar y coordinar el proceso de movilidad internacional de estudiantes desde y hacia la Universidad de Costa Rica.

La Sección de Movilidad Académica y Administrativa se encarga de facilitar la movilidad al exterior del personal docente y administrativo, con el propósito de lograr la formación de equipos humanos mejor capacitados en programas de alto nivel académico para el logro de los objetivos de la Universidad.

La sección de Administración y Finanzas se encarga de asistir a la Jefatura, Subjefatura y a las Secciones de gestión de la oficina, en el desarrollo de las labores de administración y finanzas. Asimismo, supervisa, controla y ejecuta las labores administrativas y financieras que derivan de la gestión integral.